La peau très perméable des amphibiens permet d'administrer la plupart des traitements par bains (absorption percutanée). C'est pourquoi la désinfection de la peau ou des blessures se fera avec précaution.

Lors de plaie ou d'infection cutanée, plusieurs antiseptiques peuvent être utilisés, si l'état de l'animal se dégrade ou s'il n'y a pas d'évolution, le mieux est de consulter un vétérinaire.

Le Bleu de Méthylène : s'utilise en bain de 10 à 15 min pour les espèces terrestres ou dans en permanence dans l'eau de l'aquarium pour les espèces aquatiques, à raison de 2 à 4 mg/litre d eau. Il est généralement utilisé pour le traitement complémentaire des mycoses peu étendues. Il est rapidement désactivé en présence de matière organique, peut être néfaste pour les plantes et les invertébrés de l'aquarium, mais aussi sur les bactéries du filtre biologique, de plus il colore les joints en silicone transparente.

Interdit à la vente en pharmacie depuis 2007

La Bétadine : Désinfectant très utilisé chez les mammifères, oiseau ou reptiles, il est cependant à éviter chez les amphibiens. En effet la présence d'iode la rend agressive pour la peau sensible de ces animaux, de plus l'iode pénétrant dans l'organisme devra être éliminer par les reins ce qui peut abimer ces organes.

On l'utilise dans dans certains cas, de préférence sous avis vétérinaire, et dilué . Pour les blessures sans gravité, on lui préférera la chlorhexidine, aussi efficace et et bien moins agressive pour la peau comme pour l'organisme.
 
Le Chlorure de sodium : On peut l'utiliser comme traitement complémentaire des infections cutanées et des plaies, cependant son intérêt dans ces cas réside surtout dans la compensation de la déshydratation. On l'utilise par bain :

4 à 6 mg par litre d'eau (5 ml d'une solution à 0,9% dans 10 litre d'eau) pendant 72 heures pour les espèce aquatiques

25 g par litre d'eau pendant 10 min et par jour pour les autres.

NE PAS UTILISER DE SEL DE CUISINE, l'idéal étant d'utiliser du soluté de NaCl (pharmacie) ou éventuellement du sel de Guérande (sans additifs)

Mercuresceine :  ne pas confondre avec l'éosine, s'utilise comme antifongique en bains à raison de 3mg/l d'eau (0,15 ml ou 3 gouttes d'une solution à 2% pour 1 litre d'eau) pendant 72 heures ou 4 mg/l d'eau (0,1 ml ou deux gouttes d'une solution à 2% pour 500 ml d'eau) pendant une heure toutes les 24 heures.

Chlorhexidine : Solution à 0,2% en application locale sur les plaies non infectée. Activités fongicides et bactéricides. Préférable à la bétadine.

Formol à 10% : 1,5 ml / litre d'eau, 10 minutes touts les 48 heures, efficace contre les parasitoses comme celles aux trematodes

Vert de malachite : A éviter du fait de sa persistance dans les tissus

Permanganate de potassium : à éviter car très toxique même à courte durée